Йошкар-Ола привлекает туристов не только набережными и европейскими фасадами, но и скрытой стороной городской истории. С городскими зданиями связаны предания о подземных ходах, неупокоенных душах и купеческих тайниках.
Одно из них — двухэтажный каменный особняк на Вознесенской, 27, построенный во второй половине XVIII века для купца первой гильдии Ивана Пчелина. Городское предание гласит, что ради несокрушимости постройки купец замуровал в основание фундамента юную марийскую девушку. Исследователи старины отмечали, что ширина отдельных туннелей позволяла проехать конной повозке, а ходы вели к реке Малой Кокшаге и окрестным храмам, но точная карта лабиринта не раскрыта.
Мистическая репутация закрепилась и за многоэтажкой на улице Петрова, 1, которую называют «бабочкой» из-за формы корпусов. Строители микрорайона Сомбатхей, возведённого на месте бывших болот, рассказывали о поднявшемся со стороны трясины тумане с протяжным звуком, похожим на женский плач, а новосёлы описывали парящие сгустки света.
На Патриаршей площади, где сейчас стоит Республиканский театр кукол, прежде размещалась сцена Русского драматического театра, а в дореволюционные годы — винный склад купцов Булыгиных. По легенде, перед началом спектакля несколько зрителей подошли к администратору с билетами, уверяя, что их продал странный бородач в старинной одежде, хотя на кассе дежурила штатная сотрудница.
Здание на Кремлёвской улице, 2, возведённое купцом Михаилом Таланцевым в 1835 году, после 1917 года занимали ВЧК, ГПУ и подразделения НКВД. В кирпичной кладке подвалов долго оставались выбоины от пуль, а при ремонте в конце 1950-х на чердаке обнаружили брошенные вещи арестованных царевококшайцев; сегодня здесь работает отдел воинской славы Музея истории города.